Talvez os registros DNS que você criou para seu domínio não estejam configurados corretamente, ou ainda não tenham se propagado. Estou me baseando nesta postagem: Bizarre installation problem re: specific domain name - #2 by david.
Tente executar o seguinte a partir de um terminal em seu computador, substituindo www.example.com pelo nome de domínio que você está usando para seu site.
host www.example.com
Se você puder compartilhar a saída aqui, alguém poderá identificar um problema.