Let’s Encrypt に関する件ですが、これは短時間に多数の証明書を発行しようとした際に非常に一般的に発生する問題です。ワンクリックで簡単な手順でインストールを行うユーザーには影響しませんが、テスト中に多数のインストールを行うユーザーには再発しやすい問題です。
私の計画は、acme.sh から nginx 組み込みの ACME サポートへ移行することです。これにより、この問題の検出が容易になると期待しています。
ただし、これは Update to trixie - Pull Request #1048 - discourse/discourse_docker - GitHub に依存しています。