Verifiquei a lógica e os usuários serão excluídos após clean_up_inactive_users_after_days dias se:
- Nunca tiverem publicado nada
- Forem TL0
- Não forem membros da equipe
Portanto, para responder à sua pergunta: sim, usuários desativados manualmente serão removidos, mas não se tiverem publicado algo ou alcançado qualquer nível de confiança.