Parece que você mesmo acabou de corrigir! É bom saber disso.
Para qualquer outra pessoa lendo isso: Houve um bug que foi introduzido pouco depois da v2.6.0.beta1. Eu o corrigi em FIX: Backups should use relative paths for local uploads · discourse/discourse@f51ccea · GitHub e fiz o backport para a branch beta.
A partir de agora, os backups serão criados corretamente novamente, e a restauração de um backup criado no período entre a v2.6.0.beta1 e a correção do bug também funcionará.