Ich habe die Datei plugin-utilities.php manuell aktualisiert, um aus categories.json und nicht aus site.json zu lesen, und dann aktualisiert, um sicherzustellen, dass sie das richtige JSON-Objekt liest (in site.json ist categories auf der 1. Ebene, und in categories.json auf der 2. Ebene).
Ich habe jedoch 49 Kategorien und nur 33 werden auch in der categories.json angezeigt.
Für den Moment habe ich einfach die eine fehlende Kategorie manuell hinzugefügt, die ich wollte.
Ich bin mir immer noch nicht sicher, ob dies ein max_category_nesting=3-Problem ist, aber selbst wenn nicht, denke ich, dass das Abrufen der Kategorien aus categories.json durch wp-discourse zukünftig reibungsloser sein könnte.