以前はスレッド化されるルールがあったが、最新のアップデートでそれが機能しなくなった、ということでしょうか？それとも、アップデートでスレッド化が開始されると期待していたが、実際にはそうならない、ということでしょうか？
私は Discourse 093ee1d80c と discourse-chat-integration da91061（最新バージョン）を実行しています。thread ルールが設定されたチャンネルでは、応答が正しくスレッド化されています。
スレッドルールの設定例を示していただけますか？管理画面 → プラグイン → チャット統合で、以下のようなルールが表示されているはずです。
編集アイコン（鉛筆）をクリックすると、以下のような画面が表示されます。
もし、以下のように表示されるルールがある場合、そのルールはスレッド化されません。
これはサイト全体ではなく、ルールごとに設定する必要がある理由については上記をご覧ください。
Slack の /discourse コマンド（または統合設定時に選択したコマンド）でルールを設定する際は、watch や follow ではなく thread を使用してください。詳細は Discourse Chat Integration に記載されています。