中央のユースケースが .md ファイルと共通言語である場合でも、Discourse は会話的であり、人々が平易な言葉で実際に話し合うことをサポートしているという点で大きな優位性があると私は考えます。おっしゃる通り、知識に関する対話は Discourse で行われるべきです。したがって、その対話の大部分をそこで維持する方法を検討する価値があると思います。そうしないと、主なプラットフォームとして望むものから注力と焦点がそがれてしまいます。
以下のような構成を想定できます：
- Readme.md を Discourse のウィキトピックとして扱い、GitHub と同期する
- この Readme に関する議論は、Discourse 上のフォローアップ投稿として扱い、定期的に削除する（現在の meta の設定に類似）
- リポジトリ内の追加ファイルやフォルダは GitHub とブランチ管理で処理する。現在のリポジトリ構造を Discourse と同期させ、ウィキ投稿の目次のように表示できるようにする。