Se o caso de uso central são arquivos .md e uma linguagem comum, ainda acho que o Discourse tem uma grande vantagem: é conversacional e permite que as pessoas realmente conversem entre si em linguagem simples. Como você disse, geralmente você quer que essa conversa sobre conhecimento aconteça no Discourse. Então, acho que vale a pena ver como manter a maior parte disso ali mesmo; caso contrário, você desvia a atenção e o foco do que seria sua plataforma principal.
Posso imaginar uma configuração como:
- Readme.md como um tópico de wiki no Discourse, sincronizado com o GitHub
- Discussão sobre esse Readme como posts de acompanhamento no Discourse, regularmente excluídos (semelhante à configuração atual no meta)
- Arquivos e pastas adicionais em um repositório gerenciados no GitHub e com ramificação. A estrutura atual do repositório poderia ser sincronizada com o Discourse, para que apareça junto com o post da wiki como um índice.