ジェイさん、ありがとうございます。
ウェブサイトを再構築してオンラインに戻すことができました。
まず、提案された通り、完了するまで再インデックス作成、修正、繰り返しの順で実行しました。次のコマンドを使用して、いくつあるかを確認しました。
SELECT username_lower, count(*) from users GROUP by username_lower HAVING count(*) > 1;
結果はゼロでした。
もちろん、多くの重複があったため、いくつあるかを知りたかったのです。そこで、クエリを少し調整しました。
SELECT username_lower, count(username) from users GROUP by username_lower HAVING count(username) > 1;
これは機能し、約50件の重複が返されたため、それらを修正し、再インデックス作成と再構築を正常に完了しました。