プラグイン開発者である私たちにとって、ここでご覧いただける通り（プラグインが専用のセクションに項目を配置している例です）、適切にカテゴリ分けすることに何の支障もありません。
問題は、プラグインによっては設定項目が 1〜2 個しかない場合があり、それ専用のセクションを設けるのはやりすぎになることがあることです。
私が修正してほしい最大の点は、設定をクリックしたときに表示されるこの混乱です。
/plugins?filter=affiliate
代わりに、以下のような形にすべきでしょう。
?filter=plugin:discourse-affiliate
こうすれば、プラグインが複数のグループに項目を散らばらせたり、設定でキーワードを省略したりしても、ボタンは正しく機能します。
プラグインが設定を登録する際、コア側はサーバー上でどのプラグインがどの設定を所有しているかを追跡する必要があるでしょう。
この変更は、規模が小さく大きな改善をもたらすため、次のリリースに組み込む予定です。