Olá Mike 
Se entendi bem, você criou um campo de usuário personalizado que está atualmente vazio e quer preenchê-lo para cada usuário existente com base em dados que você tem em algum lugar.
Farei isso com um script Ruby on Rails e verificarei se o conteúdo é único dentro do script.
Como foi migrado do phpBB, você tem algum motivo para acreditar que os IDs dos usuários do phpBB não seriam únicos?
Se você estiver hospedado no Discourse, eu perguntaria diretamente para team@discourse.org, pois você não tem acesso ao console do Rails; talvez os especialistas tenham melhores soluções.