Port already in use, what to do?

Discourse は、インストールの前提条件として docker を除き、コンテナの外には何もインストールしません。

おそらく、最後の再起動後に Apache2 がインストールされ、マシンを再起動するまでポートを確保できなかったのでしょう。手動でインストールされたパッケージを確認するには、bash の履歴を grep で検索してください。