Let’s Encrypt のレート制限に達したようです。Let’s Encrypt を使わない方法を考えるのは難しいため、おそらくまだ証明書をリクエストしているのでしょう（ただし、証明書が期限切れになる場合、メールでの警告は受け取れなくなります）。もし私の推測が正しければ、以下のいずれかの選択肢があります。
- 来週まで待つ（焦らなければ簡単です）
- 別のドメイン名を使用する（名前を愛している場合や DNS が苦手な場合を除き、簡単です）
- 複数のドメインで Let’s Encrypt を設定する に従う（初心者にはやや難しいです）
- 複数のドメインに関する問題の解決を誰かに依頼する、あるいは別の問題であることが判明する