Eu recomendo um backup apenas do banco de dados e usar o rsync para transferir todo o resto. Mover um site do Discourse para outro VPS com rsync. Você também pode usar o rsync para transferir os certificados SSL, assim você consegue colocar o novo site no ar antes de alterar o DNS.
É assim que eu faço: Changing Digital Ocean droplets with doctl (resize, floating ip, rename, etc) - Howto - Literate Computing Dashboard
EDIÇÃO: Desculpe. Não consigo dizer se você já resolveu seu problema ou não. Se estou entendendo corretamente, a coisa mais fácil a fazer é voltar para o template padrão, sem versão, e reconstruir novamente.