Olá Cate! Esta é uma parte normal da atualização e é bem curta. Sinceramente, eu não me preocuparia muito com SEO, mas você poderia informar aos seus membros que você atualiza com frequência para que eles saibam que devem apenas verificar novamente mais tarde se o site parecer ficar fora do ar por alguns minutos enquanto você está atualizando.
Além disso, se você atualizar a partir da interface do usuário (UI), o site permanecerá majoritariamente disponível durante a atualização.
Existe um truque para mostrar uma página “em manutenção” durante a atualização, mas eu não o recomendo.