アップデート中にこれが起こるのを防ぐには?

(申し訳ありませんが、これはご質問への回答ではなく、余計なお世話のアドバイスになります… アップデートの頻度を減らすことをお勧めします。避けられないダウンタイムが少なくなるだけでなく、物事が少し壊れている時にアップデートする可能性も低くなります。個人的には、リリースが出たときにアップデートしますが、何か問題があっても修正される機会を与えるために1日かそこら待つようにしています。)