Ähm… 
Ich habe den Nginx (Discourse) Teil vergessen. Danke! 
Ich habe gerade app.yml bearbeitet und einen Rebuild des Containers durchgeführt. Der Bot kam fast sofort zurück, nachdem der Container wieder hochgefahren war. Ich sehe noch keine 429-Fehler. Hoffentlich bleibt das für „normale“ Benutzer auch so.
Das ist es ja… Wenn ich die Admin-Seite der Benutzer überprüfe, habe ich immer unterschiedliche „letzte IP“-Einträge gesehen. Discourse hat also irgendwie die echten IPs der Benutzer gesehen, auch ohne mod_remoteip und auch ohne die Nginx-Konfigurationsänderung. 
Wie auch immer, ich bin gespannt, ob die Nginx-Konfigurationsänderung die Lösung für dieses Problem gebracht hat!