エラーが発生したログの断片を投稿してください！
重複キーの値がどのように発生したのかが誰かにわかるようになれば、より詳細な情報があれば助かります。
データベースの修復はお手伝いできません。
Rubyの問題については、コマンドラインでのアップグレードが必要だと思います（*）。例えば以下をご覧ください。
（*）編集：しかし、以下を参照してください。現在のデータベースではアップグレードが失敗します。しまった。