Deixando meus $0.02 aqui,
tudo se resume a plugins. O Multisite tornará quaisquer plugins que você instalar disponíveis para todos os sites na rede, enquanto os sites independentes terão seu próprio subconjunto exclusivo.
Os sites independentes provavelmente terão maior utilização do sistema em comparação com um único multisite porque cada contêiner estará executando o mesmo processo. Isso não significa necessariamente um impacto no desempenho na prática, a menos que alguns sites experimentem tráfego exponencialmente maior do que outros.
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