Minha opinião:
- Discricionariedade em tempo de execução na instalação, em vez de no momento da compilação, com tempo de inatividade zero.
- Mais fácil de desativar e remover.
- Utilizável por clientes hospedados que não têm acesso ao console.
Mas concordo que, na minha opinião, os plugins geralmente são mais fáceis de navegar do ponto de vista dos desenvolvedores.