いいえ。
Docker によるマルチサイト構成 と リバースプロキシなしの Let’s Encrypt によるマルチサイト構成 をご覧ください。
また、リバースプロキシを前面に配置して、複数のコンテナを実行することも可能です（Discourse 全体ではなく app.yml をコピーしてください）。
discourse-setup は使用できません。これは非常に単純なインストールのみを対象としたツールです。
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