O comportamento é diferente dependendo do método de seleção.
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Selecionar conteúdo antes e depois: captura todo o markdown e mantém os acentos graves.
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Selecionar a linha manualmente arrastando o mouse seleciona apenas o texto, portanto, não mantém os acentos graves.
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Selecionar a linha inteira clicando com o mouse três vezes: seleciona o texto da linha inteira + elementos de encapsulamento invisíveis, como tags HTML. Portanto, os acentos graves são mantidos.
Não tenho certeza se isso pode ser corrigido, ou não facilmente, já que parece depender mais de como o sistema operacional ou o navegador faz a seleção. Mas eu não sou um desenvolvedor. 