Se você tiver espaço em disco, certamente vale a pena adicionar cerca de 2G de swap.
A outra coisa a fazer é monitorar o uso enquanto seu trabalho grande estiver em execução. Eu usaria vmstat 5 5 e talvez registrar em um arquivo. Você espera não ver valores grandes nas colunas si ou so, e não ver a coluna swpd chegar perto do tamanho do seu swap.
Talvez veja esta postagem:
(Parece possível que o sistema de banco de dados esteja ficando sem algum recurso, mas não sei nada sobre isso.)