Muito obrigado @pfaffman! Isso parece ter funcionado, embora eu não tenha certeza do que aconteceu nos bastidores.
Eu usei ./launcher enter app, depois digitei rails c, então PostCustomField.where(name: "import_id").destroy_all e muita escrita apareceu (com algumas partes coloridas de vermelho e verde), depois quando saí do rails e executei novamente import_mbox.sh os e-mails originais que haviam sido importados anteriormente e depois deletados por mim (removendo os tópicos) apareceram novamente no discourse. Se eu copiar e-mails para a outra pasta de categoria, eles também são reimportados, como duplicatas, como eu suspeitava.
É apenas um fórum de teste com algumas respostas adicionais como testes para as pessoas olharem antes de decidirmos se mudamos ou não para o discourse, então apagar e reiniciar não teria sido uma grande perda.
Você também mencionou apagar o banco de dados e reimportar tudo. Qual é a maneira mais fácil de apagar?