A solução ideal aqui seria atualizar o script de migração para que os redirecionamentos de permalink sejam criados automaticamente para você.
Não configure o nginx diretamente, pois essas alterações serão destruídas toda vez que o contêiner for reconstruído para uma atualização.
Em vez disso, como o @pfaffman diz, edite o app.yml para modificar a configuração do nginx.