Fantástico, você estava certo! Remover o componente Base de Conhecimento do tema fez o modal aparecer novamente! Obviamente, instalei o componente entre uma dessas atualizações.
Estranhamente, isso só acontece após restaurar o backup; uma instalação limpa não apresenta esse problema com o componente ativado. Vou apenas desativá-lo, já que não estávamos usando de qualquer forma.
Obrigado pela ajuda!