素晴らしいですね！私のプラグインの1つで（正しくリンティング設定を更新したと思いますが）、最近まで存在しなかったはずの {{this.blah}} のインスタンスがたくさん表示されています。それがどれほど素晴らしいことか、言葉では言い尽くせません。 
スケルトンに更新があった場合に、各プラグインで適切なファイルをコピー/削除する自動化された方法があれば便利です。（今回、自分で手作業でそれをやったかどうかは、言えませんが。）もしかしたら、スケルトンに小さな bash スクリプトを仕込んで、現在のディレクトリに plugin.rb があるかどうかを確認し、もしあれば、スクリプトがあった場所から現在のディレクトリにファイルをコピーできるようにする、といったことが可能かもしれません。そんな感じです。