Se você estiver com hospedagem própria, pode fazer isso pelo console do Rails. Se estiver com hospedagem gerenciada, entre em contato com o suporte.
Pode haver algumas dicas em Operações em Lote Administrativas.
Algo como
t = Topic.all.with_deleted.where("deleted_at is not null").where(user_id: 123)
t.update_all(deleted_at: nil, deleted_by_id: nil)
Mas acho que, em seguida, você precisará executar algo mais para atualizar outras tabelas.