Quero dizer: por enquanto, recriei uma máquina Vagrant totalmente nova, sem copiar nenhum backup anterior. Fiz o bootstrap e iniciei o contêiner Docker. Depois, fiz o backup.
Nada é visível na máquina Vagrant fora da máquina Docker.
Acho que encontrei o problema: montei esta pasta compartilhada do Docker na máquina Vagrant que a contém.
config.vm.synced_folder "discourse/", "/var/discourse"
Se eu comentar isso no meu Vagrantfile, os backups “magicamente” aparecem.
Então, o problema era que a pasta compartilhada do Vagrant (para “up”) e a pasta compartilhada do Docker (para “down”) entravam em conflito, tornando tudo inválido.