通常、/var/discourse/shared/standalone/backups ディレクトリは、コンテナ内では /var/www/discourse/public/backups として表示されます（そのため shared という言葉が使われています）。あなたの rsync コマンドは、コンテナ内からアクセスできるようにするために、バックアップをそのディレクトリ内に配置しています。
逆に、コンテナが public/backups に書き込んだ場合、共有ディレクトリ上のホスト側からも表示されるはずです。
上記では /var/discourse/shared... と書きましたが、どうやらあなたは ~/infra/discourse で作業されているようなので、~/infra/discourse/shared/standalone/backups/default へコピーしていることになります。
通常、コンテナは /var/discourse/shared/... にマッピングされます。
これが問題の原因かもしれません。/var/discourse/shared が存在するか確認できますか？