いいえ、独自の環境で実行しており、原因を見つけました。
同じコマンドで複数の rake タスクを実行していました (RAILS_ENV=production bundle exec rake db:seed_fu multisite:migrate multisite:seed_fu)。
db:seed_fu は10年前のバグを回避するために存在していました。それを個別に実行すると、問題は解消します。そして、上記のコメントのおかげで、何が起こっていたのかを理解できました。
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