Então, você precisa mover seu código para o seu próprio plugin. Confio que você tem as habilidades para fazer isso, já que consegue modificar o código diretamente? Instale como todo mundo. Caso contrário, sua situação não terá suporte, a menos que alguém tenha muito tempo livre para resolver o seu caso inédito.
Por favor, utilize a arquitetura de plugins se a lógica principal não atender às suas necessidades. Assim, pelo menos a instalação básica será idêntica. Você agradecerá a si mesmo no futuro, quando as atualizações forem apenas um clique. Além disso, ajudará qualquer pessoa que assuma o seu lugar e receberá um suporte mais ágil aqui.
O guia que você pode precisar está aqui: Developing Discourse Plugins - Part 1 - Create a basic plugin
Antes de ir tão longe, no entanto, talvez você queira explicar por que o suporte nativo a SSO não atende às suas necessidades. Assim, talvez um especialista na funcionalidade possa opinar.