Consegui reproduzir o problema aqui no Meta também, no site que está em um commit mais antigo.
Tenho quase certeza de que não é um bug nosso. Consegui reproduzi-lo em um fiddle.
Se você clicar em “Run” várias vezes, vai notar que a primeira e a segunda caixas não apresentam o problema.
A primeira caixa representa o tema claro e não tem o problema. A segunda é uma que eu adicionei um fundo preto para comparação. Ela também não tem o problema.
O problema é mais perceptível na terceira caixa, que usa as mesmas cores do tema escuro padrão. Acredito que a combinação de cores esteja confundindo o navegador de alguma forma. Já tentei todas as “gambiarras” de animação das quais tenho conhecimento, mas o resultado foi o mesmo.
A menos que mudemos nossa animação ou usemos cores diferentes, não sei o que mais podemos fazer além de aguardar uma correção por parte do navegador, o que pode não acontecer tão cedo.