RSS フィードから作成されたトピックで embed set canonical url が有効になっている場合、curl -i は RSS アイテムの URL を正規 URL として返すことを期待します。これはローカルサイトでテストした際には機能します。
Discourse Rails コンソールにアクセスできると仮定すると、トピックを見つけてから topic_embed プロパティを確認することで、何が起こっているかを確認できます。たとえば、次のようになります。
t = Topic.find 495
t.topic_embed
または単に：
TopicEmbed.find_by(topic_id: 495)
TopicEmbed が返されるはずです。その embed_url は、Discourse がトピックの正規 URL を設定するために使用することが期待されるものです。
私も以前からそう思っていました。埋め込みは Discourse のコアコードの一部であるため、RSS プラグインの変更よりも難しくなります。