Ich habe Berichte gesehen, dass es problemlos funktioniert. Es wird zwar einige Ausfallzeit während des OS-Updates geben, aber es sollte funktionieren.
Ich bevorzuge es, eine neue EC2-Instanz mit einem sauberen OS zu starten und die Daten wie unter Move your Discourse Instance to a Different Server beschrieben zu übertragen.
(Ich habe Linux genutzt, als Kernel-Upgrades meist den Austausch aller Binärdateien erforderten, daher können einige meiner Praktiken veraltet sein. 
)