Já vi relatos de que funciona perfeitamente. Haverá uma certa indisponibilidade durante a atualização do sistema operacional, mas deve funcionar.
Prefiro iniciar uma nova instância EC2 com um sistema operacional limpo e copiar os arquivos conforme descrito em Move your Discourse Instance to a Different Server.
(Comecei a usar Linux quando as atualizações do kernel geralmente exigiam a substituição de todos os binários, então algumas das minhas práticas podem estar desatualizadas. 
)