Ich glaube, ich stoße auf ein ähnliches Problem. Ich dachte, es läge daran, dass ich eine Sub-Subdomain verwendet habe (Let's Encrypt with sub-subdomain?), aber ich habe es mit einer normalen Subdomain versucht und das Zertifikat wird für die neue Website immer noch nicht generiert.
Ich versuche herauszufinden, wie du es zum Laufen gebracht hast, aber ich kann dir nicht folgen 
Was hast du getan, damit es bei dir funktioniert?
Wenn es das war, welche der if-Anweisungen hast du auskommentiert?
Hast du auch eine Idee, was dieses neue Problem verursachen könnte?