バックアップは常に良いアイデアです。何か問題が起きた場合、どの程度のデータ損失を許容できますか？
方法 #1 Discourse の自動バックアップを設定します。私の場合は毎日 S3 に実行されます。
方法 #2 管理者画面 /admin/backups から手動でバックアップを実行します。
方法 #3 インスタンスがホストされている環境のスナップショットを作成します。例えば DigitalOcean には、管理者画面で簡単にスナップショットを作成できる機能があります。ただし、この方法は少し時間がかかります。私の場合は約 1 時間かかりました。
方法 #4 インスタンスの自動バックアップも可能であれば、それも行いましょう。例えば DigitalOcean では週 1 回の自動バックアップが実行されます。
つまり、ご質問への回答ですが、可能であれば、アップグレードをバックアップ実行直後にタイミングを合わせるか、手動でバックアップを実行してください。