はい、それらを「バニラインストール」とは主張していません。
そこで、そのうちの1つから公式の Cloudflare テンプレートを削除して再構築してみるテストを行いました。残念ながら効果はなく、IP アドレス経由で依然としてインセキュアにアクセスできてしまいます。
それらのインストール間で他に特筆すべき違いは思い当たりません。そのインスタンスにインストールされていたプラグインは、デフォルトで含まれている Docker マネージャーと公式の広告プラグインのみです。これは安定版ブランチ上にありますが、同様の挙動を示す他のサイトは、安定版、ベータ版、テスト通過版が混在しています。