Nem todos os administradores têm acesso à linha de comando e, mesmo entre aqueles que têm, nem todos estão muito familiarizados com ela.
Além disso, isso exige uma reconstrução, que não é instantânea, pode ter efeitos colaterais e potencialmente levar a problemas.
Atualizar um plugin também exige uma reconstrução, enquanto atualizar um componente de tema é apenas um clique de botão.