Acredito que o Hypothesis possa acessar páginas não públicas, desde que o usuário esteja logado.
É possível adicionar a anotação, mas você só obtém o caminho correto apontando para a página se abri-la primeiro usando a opção ‘compartilhar esta página com link’.
Se eu fizer isso, a anotação correta é criada. Caso contrário, as anotações ficam órfãs.
Como neste exemplo
A partir do link, assim: