お二人とも、ご意見ありがとうございます。サイトを公開し、ファイルにアクセスできるようにパーマリンクを設定しましたが、残念ながらこのディレクトリ /.well-known/apple-developer-merchantid-domain-association に配置する必要があるようです。
気になるのですが、ディスコースサーバー上に外部からカスタムフォルダ/ファイル構造を作成することは可能でしょうか？例えば、var/www/html/.well-known/ からファイルを提供するといったことは。