Sim, acabei de testar isso no meu site de desenvolvimento local e estou encontrando o mesmo problema. Acredito que a questão esteja na lógica usada aqui:
Alterar essa linha para topics = topics.where("topics.category_id NOT IN (?)", remove_category_ids) parece resolver o problema com as categorias que foram adicionadas à configuração digest_suppress_categories, mas será necessária alguma lógica adicional para lidar com categorias silenciadas. Talvez algo como:
topics = topics.where("topics.category_id NOT IN (?)", remove_category_ids).where("topic_users.notification_level != (?)", TopicUser.notification_levels[:muted])