はい、これは確かにバグです。
先週、フォーラムを別のサーバーへ移行する際に、LetsEncrypt の再発行制限（同じホスト名に対して週最大 5 回）に抵触しました。当初は原因がわかりませんでしたが、このバグによりビルドのたびに証明書が再発行され、5 回目にレート制限に達しました。しかし、以前の証明書がサーバーに残っていたため、何も警告は発生しませんでした。
フォーラムを新しいサーバーに移行したところ、新しい証明書が取得されませんでした。古いサーバーからコピーすることはできましたが、何が原因だったのかには気づきませんでした。
acme.sh は 2.9.0 に固定 されていますが、master ブランチは 3.0.1 であり、デフォルトのチェーンを設定する機能 が追加されています。これが関連している可能性があると推測しています。