「問題」という言葉は強すぎるかもしれませんね。単なる意図的な不自然さ程度です 
もし、Cloudflare との相性が良くないことが確実なら、この新機能は無効化します。Brotli や Rocket Loader は使用していません。
Cloudflare は、S3/Cloudfront に対するワイルドカード化や、HTTPS へのリダイレクト用のページルールとして活用しています。これは意図的な設定で、自前ホスティングのコスト削減にもつながっています。詳細は以下を参照してください：S3 upload bucket, cdn url and bucket name in CNAME - #7 by fearlessfrog