「匿名ユーザーによるファイルのダウンロードを防止する」を有効にすると、「/uploads/」から提供されるテーマアセットが壊れる

テーマアセットに限定されないと思います。この設定を有効にすると、匿名ユーザーのサイトロゴやファビコンなども壊れるようです。実装は、匿名ユーザーの /uploads/* への完全なブロックです。

@lhkjacky あなたのサイトでも匿名ユーザーのロゴが壊れていますか?

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