すべてのユーザーが Apple デバイスを利用しているのでしょうか？
デフォルトでは、カスタムテーマは手動でこのチェックボックスにチェックを入れない限り、現在のデバイスでのみ適用されます。
この場合、テーマの環境設定はクッキーを使用してデバイス上にローカルに保存されます。
Apple デバイスのネイティブブラウザでは、これらのクッキーは 7 日後に削除されます。
回避策は以下の通りです。
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サーバー側で保存するため、すべてのデバイスにテーマを適用する
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7 日間サイトを訪問し続ける
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macOS では他のブラウザを使用する（iOS ではこの選択肢はありません）
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iOS では「ホーム画面に追加」で Discourse PWA をインストールする。これにより、通常の 7 日間のカウントが回避され、別のカウントに切り替わります。