Manuelさん、こんにちは 
同じ構造を作成し、
@import "desktop/footer"; を desktop/desktop.scss に
@import "mobile/footer"; を mobile/mobile.scss に
desktop/desktop.scss または mobile/mobile.scss の両方にインポートすることも試しました。
テーマクリエイターで試したところ、私には機能しました。
何か見落としていることはありますか？ 
例を共有していただけますか？ 