안녕하세요 @manuel 
저도 같은 구조를 만들어 보고
@import "desktop/footer";
를 desktop/desktop.scss에,
@import "mobile/footer";
를 mobile/mobile.scss에 추가해 보았습니다.
두 가지를 desktop/desktop.scss 또는 mobile/mobile.scss에 모두 가져오기도 시도해 보았어요.
제 환경에서는 잘 작동합니다. 테마 크리에이터에서 테스트해 보았거든요.
무언가를 놓친 건가요? 
예시를 공유해 주실 수 있나요? 