이것이 올바른 방법입니다. 
GitHub에서 복사/포크를 하지 않는 것이죠.
그리고 항상 그렇듯 단점이 있습니다. 저에게 있어서는 — 워드프레스 세계에 익숙하다면, 이 질문은 테마 의존적인 변경 사항에는 functions.php를, 테마와 무관한 변경 사항에는 코드 스니펫과 같은 것을, 테마 또는 플러그인을 수정해야 하는 경우에는 자식 테마를 사용해야 하는지와 매우 유사합니다. 그리고 자식 테마를 사용하면 해당 부분의 업데이트를 놓치게 됩니다.